Выделяют два вида ЭКО – в стимулированном цикле и ЭКО в естественном цикле.
Стимулированным называется протокол ЭКО, при котором проводят стимуляцию суперовуляции, с целью одновременного созревания нескольких фолликулов, из которых затем получают яйцеклетки. Большее количество яйцеклеток позволяет получить большее количество эмбрионов, что увеличивает вероятность наступления беременности.
Стимулированный протокол бывает «длинным» - от первой инъекции препаратов до теста на беременность проходит 5-6 недель и «коротким» - укладывается в период одного менструального цикла.
Короткий протокол с агонистами ГнРГ
- блокада гипофиза препаратами агонистов с 3 дня цикла до дня пункции;
- с 3-5 дня цикла стимуляция суперовуляции гонадотропинами в течении 12-17 дней
- за 34-38 часов до пункции триггер овуляции (хорионическим гонадотропином человека);
- на 14-20 день цикла пункция фолликулов;
- на 2-5 день после пункции перенос эмбрионов в полость матки;
- поддержка пострансферного периода;
- тест на беременность.

Короткий протокол с антагонистами ГнРГ
- со 2-5 дня цикла стимуляция суперовуляции гонадотропинами в течении 10-14 дней
- инъекции антагонистов для предотвращения спонтанной овуляции;
- за 34-38 часов до пункции триггер овуляции (хорионическим гонадотропином человека);
- на 14-20 день цикла пункция фолликулов;
- на 3-5 день после пункции перенос эмбрионов в полость матки;
- поддержка пострансферного периода;
- тест на беременность.

Длинный протокол ЭКО
Длинный протокол отличается от короткого тем, что начало программы ЭКО начинается не в начале цикла, а с 21 дня и длиться более продолжительное время, в нем используются препараты, сочетающие в себе как блокирующее, так и стимулирующее действие.
- на 19-21 день менструального цикла блокада гипофиза агонистами, в течении 12-17 дней;
- на 3-5 день следующего цикла симуляция суперовуляции гонадотропинами в течение 12-17 дней;
- за 34-38 часов до пункции триггер овуляции (хорионическим гонадотропином человека);
- на 15-22 день цикла пункция фолликулов;
- на 3-5 день после пункции перенос эмбрионов в полость матки;
- поддержка пострансферного периода;
- тест на беременность.

ЭКО в естественном цикле
Данный протокол проходит без гормональной стимуляции, соответственно в яичниках происходит созревание одной (редко двух) яйцеклеток. Первая фаза этого протокола проходит под контролем фолликулометрии, остальные этапы проходят как при стандартной программе ЭКО. Существенным плюсом ЭКО в естественном цикле является полное соответствие натуральному менструальному циклу женщины и отсутствие гормональной нагрузки на организм К минусам протокола ЭКО в естественном цикле можно отнести большой риск спонтанной овуляции или получение незрелой яйцеклетки. ЭКО в естественном цикле используется, в тех случаях, когда стимуляция яичников не рекомендуется или не дает эффект.
Японский мини протокол ЭКО
Японский протокол, разработанный специалистами токийской клиники Kato Ladies – это щадящая техника стимуляции яичников с применением ограниченного количества гормонов. Это не только удешевляет стоимость проведения протокола ЭКО, но и бережет здоровье женщины. Пациентки с истощенными яичниками, женщины, пережившие не одну неудачную попытку ЭКО стандартными протоколами, нуждаются в специальных условиях при проведении следующего цикла. В протоколе «терамото» используются минимальные дозы гормонов, которые мягко стимулируют яичники. Результатом такой стимуляции становится созревание небольшого количества яйцеклеток (1-3) наилучшего качества. Особенность протокола в том, что оплодотворенные яйцеклетки не подсаживаются в матку сразу, а замораживаются: тонкий эндометрий (побочное следствие использования кломифена цитрата) не позволяет эмбрионам прижиться. Замораживание проводится методом витрификации (ультрабыстрого охлаждения в жидком азоте), который практически исключает риски повреждения эмбрионов и позволяет разморозить без потери количества и качества все оплодотворенные яйцеклетки. Японский протокол предполагает проведение как одной стимуляции (удалось получить несколько яйцеклеток надлежащего качества), так и нескольких (на каждой удается извлечь по одной хорошей яйцеклетке). Подсадка полученных эмбрионов проводится в естественном менструальном цикле.
Решение о выборе вида протокола стимуляции суперовуляции, препаратов и режима их дозирования принимается врачом исходя из индивидуальных особенностей супружеской пары. Задача специалиста — в минимальный срок выяснить причину отсутствия беременности и предложить схему лечения, направленную на достижение скорейшего результата при причинении наименьшего вреда организму пациентки.